Devletin yeni teşkilat yapısını dizayn eden 1 No.lu Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Ekonomi Bakanlığı’nın kimi birimleri Ticaret Bakanlığı’na kimi birimleri ise Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı’na bağlanmıştır. Kısa bir süre önce elektronik uygulama sistemine geçen Yatırım Teşvik Uygulama ve Yabancı Sermaye Genel Müdürlüğü Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı’na bağlanmıştır. Genel Müdürlüğün görev ve sorumluluklarında herhangi bir değişiklik öngörülmemiştir.
2/7/2018 tarihinden önce başvuru neticesinde tanzim edilen yatırım teşvik belgelerine ilişkin işlemler klasik müracaat yöntemiyle 02/07/2018 tarihi sonrası gerçekleştirilen müracaatlar ise e-TUYS sistemi üzerinden gerçekleştirilmeye devam edilecektir. Genel Müdürlük kısa süre içerisinde Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı bünyesinde işlemleri yürütecektir.
Yayımlanan Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi neticesinde Yatırım Teşvik Uygulama ve Yabancı Sermaye Genel Müdürlüğü ile AR-GE Teşvikleri Genel Müdürlüğü Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı altında ana hizmet birimi olarak tanımlanmış olup, devlet desteklerinin en önemli iki ayağı olan AR-GE teşvikleri ve Yatırım Teşvikleri aynı çatı altında toplanmıştır.